「有紀學」和哥哥「有紀護」無意間登上了父親的銀河鐵道列車，父親「有紀涉」是SDF的成員，在襲擊中犧牲。哥哥也意外身亡，自此有紀學誓要繼承父親及哥哥的遺志，踏上守護銀河鐵道的漫長之旅。\n有紀學雖然受到母親的反對，但決心加入鐵道警備隊，與少女鈴一起登上特急列車。急列車550號墜入了錯亂的時空，有紀學遇到死去的哥哥……...