电影玛纳斯人之失落的秘境剧情讲述的是：100年前一支考古探险队无意中发现一处秘境，却因地震全部葬身此地，仅留一段传奇故事流传于坊间。100年后，玛纳斯文化研究员马文俊离奇死亡，其女马思语得知父亲生前留有西域的秘密，而前往找寻。与此同时，觊觎该秘密的假富翁钱万里用计诱导前小野队乐队成员前往西域，小野队和马思语阴差阳错之间组团，共同在西域开启了磨难重重...