软件使用说明 软件开发说明书

1、运行structure时同一个k，会有多个run,使用clumpp软件可分析多个run，得到一个结果。

2、配置输入文件后，在win下或命令行运行即可得到输出文件。

3、 需要读取参数文件，及qmatrices(structure harvest可直接获得每个k值的对应文件) 参数文件，参数文件参数可被命令行命令参数代替。

4、 软件一次运行只能对个体或种群进行计算，选定DATETYTE CLUMPP的个体和群体输入文件不同， 在 paramfile 表明输入文件 及输入文件类型（Datatype，设置DATATYPE = 0,）具体含义，从注释中可以看明白。

5、每个k的run中的个体顺序应一致。

6、Clumpp indfile与distruct indfile_inspanq一样。

7、 参数文件中需设置DATATYPE=1。

8、文件内容含义，与idstruct中Popfile一致。

9、大写参数 后一个多个空格，后参数值。

10、miscfile为此次运行后的output的使用参数 DATATYPE(int) : 0 为 inspanidual q-matrices, 1为population q-matrices INDFILE（string) ：inspanidual q-matrices 文件名字，需要 DATATYPE=0 POPFILE（string） ：population q-matrices文件名字，需要 DATATYPE=1 OUTFILE (string) ：输出文件。

11、所有runs的平均 q-matrices MISCFILE（string） ： 输出此次运行CLUMPP的参数 M(int) : 需要使用的比对算法， W(boolean) : 针对POPFILE的参数， K (int) :Number of clusters, 使用输入文件的K DATATYPE为1时填写种群数量（K值）。

12、 GREEDY OPTION (int) ：需要M = 2 or M = 3。

13、为1-测试所有可能的order, 为2-测试随机次数的order, 为3-使用自己预设的order。

14、 REPEATS (int) ： GREEDY OPTION 为 2 时， REPEATS为随机次数GREEDY OPTION 为 3 时,REPEATS为自己预设的order次数。

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15、GREEDY OPTION 为 1 时，REPEATS 无意义 PERMUTATIONFILE (string) ：4.4 permutationfle 文件，需要 M = 2 or M = 3 together with GREEDY OPTION = 3。

16、 PRINT PERMUTED DATA (int) ：0 不打印输入的矩阵，1 打印输入文件的矩阵到一个文件，2 打印输入文件中不同矩阵到不同文件。

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