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ssr引物设计原则和注意事项

发表时间:2024-07-28 05:50:48 来源:网友投稿

引物自身及引物之间不应存在互补序列。连续互补的碱基应该要少于4 个。引物

应使其△G 值不要太高,△G 值越大,则双链越稳定。

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引物长度和GC 含量要适中。引物长度大概为18~28 bp,但不应大于38 bp,引物过短会影响到扩增的特异性,太长的话其延伸温度将会大于74 ℃,不利Taq 酶的催化反应。若扩增产物为4~5 kb,引物最好不要少于24bp;如果目的产物≤500 bp,引物长度只要16~18 bp 即可。上下游引物间的Tm 值的差值最好在10 ℃以内,GC 含量最好是40%~60%。

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3′端不应该存在相似性高的序列,否则容易导致错配。

3′端不能有多于3 个连续的G 或C,要不然引物错配会在GC 富集区。

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引物3′端不能修饰,5′端可以修饰,还尽量要避开密码子第3 位。同时要注意选择3′端△G 值相对较低,5′端和中间△G 值较高的引物。

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