“英雄内战”的影响下，神盾局在联合国的规定与《索科维亚协议》的连带责任，回归成为美国政府的直属机构，遵循着未经联合国许可与监督不可擅自行动的约束。这项法案使得众人的行动变得不自在，人工智能的制造也受到不小的冲击。悄悄隐退的黛西，开始利用自己的特殊能力“震波”维持街头秩序，却也造成了市民的恐惧。此举俨然违反联合国的规范，而考森由于卸下了局长一职、变回一个普通特工，因此只能无动于衷地听从新上司的安排。与此同时，一个类似于异人的“幽灵骑士”在街头现身，除了黛西想一探究竟外，神盾局也不遗余力，揭开这位私刑者的神秘面纱。另一方面，神盾局之前结识的超人类主义学家霍登·雷德克里夫，开始着手研发另一层次的人工智能，而他的成果也会掀起一场风暴。