黑帮时代告终后，来势汹汹的希欧与塔比莎·盖勒文兄妹莅临了城市，并很快就在城市中夺下了崇高地位，但暗地里却是策划了城市各个血腥案件的始作俑者。当戈登发觉事情不对头后开始私自着手调查盖勒文家族的背景，发现他们兄妹俩其实出身于一个跟韦恩家族烙下仇恨的世家，在企图阻止他们时却发现为时已晚，希欧早已攻下了市长的阶级，戈登在无从选择下只能打破界限去和恶势力合作。而当他经历了人生第一次痛下杀手后，开始陷在谋杀仇人的罪恶感与恐惧之中。当时，位于城市“阿卡汉精神病院”的地下，一个韦恩集团旗下的神秘科学部门中，被疯狂科学家雨果·史特兰奇掌控，进行了一个又一个疯狂科学实验。布鲁斯距离找到杀害父母的凶手又更进一步时，发现除了凶手本人以外，还有一个更强大的“第三方”在背后指挥一切。