地球上的人类被一种名为“Savage”的神秘生命体侵略，唯一能对抗“Savage”的只有名为“百武装”的兵器。为了利用“武艺者”待遇来替妹妹治病的如月隼人，决定进入海上学园都市舰“Little Garden”就读，并在那里遇见一名陌生却对他所知甚详的室友艾米莉亚·汉密特。隼人、艾米莉亚和“Little Garden”的伙伴与“Savage”的战斗就此开始。