APO小组：上（Authorized Personnel Only, Part 1）
西德妮在火车上从一名男子手里骗得装有不稳定同位素的罐子，另有一人尾随准备把她推下火车……三天前的上海，西德妮和联络人执行任务失败遭人追杀，乔装打扮才得以脱身。
洛杉矶，西德妮因为违反协议受到Chase主任的训斥，她随后从CIA辞职。华盛顿，沃恩和威斯谈起发现劳伦背叛后的心理崩溃，并表示打算辞职。
西德妮来到一处秘密地点，受到了Chase主任的欢迎，原来几个月前Langley特别批准的成立APO分部。小组的其他成员有迪克松、杰克、沃恩，全是斯隆一手挑选出来的精英。Chase私下告诉西德妮，他们需要斯隆的联络人。成立这个小组也是为了防备斯隆可能的叛变。
APO小组：下（Authorized Personnel Only, Part 2）
斯隆告诉西德妮，他和纳迪亚把Rambaldi手工制品交给美国政府后，她就退出了情报组织回到阿根廷。纳迪亚对西德妮说，Vadik的得力助手叫Tomazaki。西德妮从沃恩那里得知父亲杀了母亲爱琳娜。
Tomazaki失踪了，斯隆建议用伦敦博物馆的Shintaro之剑把他引出来。西德妮在杰克的帮助下成功窃得宝剑。迪克松准备在里约热内卢与Tomazaki进行交易，一名被捕的党羽透露，Vadik就是Tomazaki。在接头时Tomazaki绑架了西德妮，他告诉她有人雇他暗杀她，但是他动手前一天，买家被杀了。沃恩请求加入APO的纳迪亚帮忙搭救西德妮，纳迪亚偷来钥匙救出西德妮，搏斗中西德妮杀死了Tomazaki，断气前他告诉西德妮雇凶杀她的是爱琳娜。
西德妮和纳迪亚来到莫斯科爱琳娜的墓地，纳迪亚发誓要为母亲复仇，西德妮没有告诉她真相。
骇人真相（The Awful Truth）
巴哈马的拿骚，西德妮和马歇尔在银行趁迪克松和沃恩吸引经理注意力的时候，偷偷进入了一个帐户。回到洛杉矶，威斯和纳迪亚在西德妮家大开派对，被杰克打断，他告诉他们10天前，Martin Bishop从美国国家安全局总部偷走了存有重要情报的电脑，准备卖给德国恐怖组织，对方的接头人正是Valta，特工小组的任务是夺回或者毁掉电脑。
Valta的行踪储存在Bishop西班牙安大路西亚的一个服务器里，他们只有从内部侵入。
在西班牙，特工们用西德妮为饵设下圈套。她装成一个翻车的女人，Bishop救下并请她回到自己家，但告诫她不要乱走。
面对纳迪亚的怀疑杰克愿意接受心理测试，他告诉斯隆自己精通如何应付这样的问题。
在沃恩和迪克松的掩护下，西德妮试图从一个美国人手里买得叫冰5的生化武器。谈判破裂逃跑途中，卖主被击中，身体发生爆炸。
马歇尔研究后解释说，和西德妮接头的卖家，身体从内部产生结晶化，他只是秘密研制出冰5的Fenton Keene手下一名雇员。斯隆想让特工们弄到冰5的样品。
纳迪亚发现了爱琳娜抱着婴儿的一张照片，她问斯隆照片中的孩子是谁，他避而不答。
西德妮混进Fenton Keene的医院，一名病人呈现感染冰5的症状，但护士Kyra MacLane说他是车祸。沃恩扮成神父与MacLane套上近乎，Fenton出现自称是MacLane的哥哥。西德妮设法偷到她的钥匙卡，让迪克松复制了一份。她找到了冰5，并发现Fenton在用活人做实验。威斯得知Fenton兄妹俩以前都是爱尔兰共和军。沃恩觉得可以劝说MacLane投诚。沃恩落到Fenton手中，他逼迫MacLane往沃恩眼睛里注射冰5，西德妮赶到救下沃恩。混战中MacLane被哥哥刺中，临死前她原谅了沃恩。
自由村（Welcome to Liberty Village）
说俄语的男子Yuri Karylko从装甲卡车上偷得了一个装置，回到家他和妻子对话说的一口英语。
在APO，斯隆说被偷的是一种名叫EMP的电磁脉冲武器。Karylko和十月小分队有牵连。西德妮和沃恩扮成捷克的Tabakovs夫妇潜入小分队，搞清他们的任务，找回EMP。斯隆让杰克 和Alexi Vaselyvich取得联系。
莫斯科，Karylko让西德妮和沃恩以新的身份来到自由村。马歇尔跟踪后发现他们所在地是俄国斯以前的军事基地，现在成了美国人聚居的郊区。西德妮和沃恩被带到他们的新家。化名汤姆的Karylko告诉他们将接受一项测试。马歇尔发现他们的邻居都是恐怖分子。斯隆不明白十月小分队如何处置恐怖分子，为什么他们会在政府的训练营安家。汤姆告诉西德妮和沃恩，他们已经身陷重兵把守的重围。杰克与Alexi达成交易，作为营救西德妮他们的条件。
一位教授英语的女人怀疑自己被人监视，开枪自杀。斯隆告诉西德妮和沃恩，自杀的女人Nancy Cahill是一个秘密的毒品特工，她的丈夫Jason也是特工。他们前往Cahill在阿姆斯特丹的寓所找寻线索。
在Cahill家中，西德妮发现许多古怪的图画，Jason突然出现袭击了她，结果被杰克击毙。
医生说Cahills服用的一种药物导致体内褪黑激素不平衡，诱发了极度暴力的行为。斯隆要特工们找到这种药物，并找出制造人和它的用途。
马歇尔开始追踪Nancy的电话，恢复她电脑里删除的文件。西德妮发起高烧，无法入睡而且产生幻觉。Jason与一个药品供应人在布加勒斯特有约会。西德妮装作Cahill同伙去接头。迪克松告诉斯隆派她去是个错误。
伊尔库次克，沃恩得到线报，俄罗斯生产了一种名为Black Thorine的威力炸药，可能被偷偷卖掉了，沃恩得到可疑人的银行帐户。
APO，斯隆说，向该帐户打钱的是石油大亨Boris Tambor，他的另一个身份是军火商。特工们的任务是找到他把Black Thorine放在何处，他准备如何运送。
西德妮向迪克松表示无法再斯隆一起工作，他告诉她要处理好与斯隆的关系。她终于理解了纳迪亚想了解斯隆的愿望。
蒙特卡洛，西德妮在Tambor房间里安放了微型摄影机，她和纳迪亚注意到他房间里的香水和钱包，意识到他有一个女朋友，她们巧妙地利用了Tambor和女友间的矛盾，开始行动。
新任务不在斯隆许可的范围之内，于是他让杰克来负责。行动的目标是西德妮的宿敌、前K-董事会特工安娜-埃斯皮诺萨，原来她并没有死，现在成了Rambaldi追随者。她将在布鲁塞尔与同伙Milos Sabine接头。一起吃午饭时，西德妮谈起过去与安娜的交锋。纳迪亚说提到Rambaldi让她看见可怕一幕，姐妹俩用枪互相指着对方，她开火击中了西德妮。
安娜绑架了纳迪亚，并要求西德妮扮成自己去布鲁塞尔与Sabine会面。Sabine要西德妮去杀死Willem Karg，并把尸体照片和食指带回来，如果她不能在40分钟内返回，就不会给她想要的东西。西德妮假装杀死了Willem，拿到了样品化合物。但安娜没有放回纳迪亚。
马歇尔经过分析，认为安娜在为盟约一个分支机构Cadmus革命前线（CRF）工作，想制造出一种化学炸弹，他建议去找萨克。西德妮不同意把化合物的复制品交给安娜，因为她可能杀死纳迪亚。斯隆认为安娜在研究Rambaldi，不会这么做。
守信（A Man of His Word）
昏迷不醒的纳迪亚被救回，安娜拿到了炸弹。斯隆要萨克找回炸弹。萨克同意了，提出条件要见劳伦的尸体。研究了她身上的弹痕后，萨克断定是沃恩杀了她。
斯隆告诉西德妮，根据Rambaldi预言，纳迪亚不能死在安娜之手。安娜潜入医院刺杀纳迪亚，遭到西德妮伏击，终于逃脱。
西德妮扮成劳伦监视萨克去威尼斯见Sanko，安娜杀死了接头人，并趁乱救走萨克。她向萨克提议结成拍档，一起和他相识的军火商Michele Gignon谈生意。在与Michele会面时，西德妮和沃恩找回了炸弹。萨克倒戈，把安娜交给了西德妮，并趁两人对决时逃走。
斯隆责问杰克给纳迪亚用药物强迫她醒来的事，埋怨他拿自己女儿生命冒险，杰克反唇相讥，说西德妮每天都有危险。
斯隆布置新任务。CIA一张记录有政府官员和组织首脑罪行、无法解锁的加密盘被盗。特工们的任务是从巴黎警察局证物室里偷一个译码器。沃恩因为去看望叔叔而不参加行动。
迪克松告诉西德妮，虽然斯隆的线路加过密，但他还是发现斯隆给12联盟的前特工Miles Deveraux打过电话，他找过Chase主任，后者要他提供斯隆重建12联盟的更多证据。他要西德妮帮助解开对话的密码。
沃恩从叔叔那里得到一本日记，得知父亲比尔-沃恩（Bill Vaughn）死于1979年。
西德妮故意在巴黎搞破坏，引来警察。迪克松装成她的律师，打倒了警卫。在纳迪亚的远程指挥下，她拿到了译码器，逃上屋顶坐直升机离去。
西德妮化装成法国女人，从Thomas Connelly获取微型芯片，Connelly遭到杀手枪杀，沃恩和西德妮追赶时，杀手割喉自尽。
APO，斯隆说芯片上是关于生物计量目标命中装置的情报，这种装置在奥利亚研发，刺杀西德妮的杀手受雇于军火商Sasha Korjev。她的任务就是去萨尔茨堡弄到该装置。杰克自告奋勇查找Korjev的下落，因为老早就认识他。
沃恩认为父亲比尔还活着，威斯告诉他，比尔日记中提到的商店的店主Frank Murdoch在圣地亚哥，是一名特别部队老兵。
在奥地利酒吧，西德妮和服务生交上朋友，通过他的ID进入地下室。她找到线索，装置已经装上武器被转移，次日清晨运离奥地利。
1992年一个深夜，男人潜入布宜诺斯艾利斯孤儿院，企图绑架一个小女孩。纳迪亚拼命反抗得以逃脱。
沃恩解译出一个密码，有助于了解父亲的神秘生活。
APO，斯隆介绍说，白俄罗斯科学学院研发出一种光学元件名为“放大镜”，可以增强激光脉冲，经过增强后的CD机激光束能击落飞机或者把坦克一切为二。一个雅加达组织派出Cesar Martinez前去把装置搞到手。他曾干掉了阿根廷特工高官Roberto Fox。
西德妮混进学院的派对，设法窃取了大楼的蓝图。偷来钥匙的纳迪亚认出了Cesar Martinez。记忆闪回到童年，Roberto Fox把她从牢房救出，要她为政府担任间谍。派对上，Martinez跟踪上西德妮，接着有枪手开了火。
古巴的哈瓦那，西德妮得到线报，第三派计划向民间目标发动大规模袭击，她可以从一个硬盘中得到更多情报。迪克松拿到硬盘，但他们的一举一动受到监视。
西德妮去机场的途中遭到伏击。迪克松带着硬盘回到APO总部，马歇尔不在，另一名特工受命译码。硬盘插上后散发出有毒气体，办公室被迫锁上。马歇尔认为防火墙仍然很安全，他和斯隆联系西德妮。她被电话惊醒，发现自己被活埋了，死去的情报员就躺在她身边。杰克要她保持冷静。马歇尔自动请缨前往古巴，追踪她的手机信号。
斯隆告诉特工第三派掌握了足够毒害一个城市的毒气，特工们一定要找出他们攻击的目标城市，并阻止环丝氨酸炸弹的引爆。
马歇尔通过西德妮用手机拍下的情报人照片，找到了绑架她的Ulrich Kottor--第三派组织的重要人物。
沃恩想放弃对父亲的调查，西德妮坚持他们应该继续下去。西伯利亚的核实验室内，一伙人用囚犯进行着残忍的活人实验。
西德妮从比尔的日志中发现“夜莺”一词，从中找出Josef Vlachko博士，他现在为军火洗钱商Hans Dietrich工作，Dietrich把一百万欧元汇进了“夜莺”的户头。斯隆问杰克，西德妮和沃恩对“夜莺计划”了解多少，杰克建议放手让他们继续调查。
在慕尼黑，西德妮用色相勾引上Dietrich，从他的电脑里抢走了硬盘。回到洛杉矶，一个叫Roberts的神秘男子向沃恩提出，用他父亲的情报换取“夜莺计划”的变压器线圈。沃恩不明所以，但是同意了。
杰克从西德妮嘴里得知，Vlachko正在一处废弃的核工厂实施“夜莺计划”，用活人做实验。他极力说服她把情报汇报给APO。
迪克松被枪手击中，枪手摘下面具后赫然露出沃恩的脸。
两天前沃恩告诉Roberts，想要变压器线圈得拿更多比尔的情报来换。Roberts的上司通过电话告诉沃恩，他的父亲比尔还活着，并要他先完成刺杀任务。
纳迪亚探望了监狱中的Katya Derevko，却不愿和她谈论西德妮。马歇尔发现杰克遭受辐射发生基因突变，恳求他去看病。
沃恩和一群自由杀手一起执行任务。从波多尔一家私人医院中偷得冷激光器。纳迪亚承认为了知道更多爱琳娜的事去见过Katya，西德妮透露爱琳娜曾雇杀手暗杀自己，她警告Katya不要接近纳迪亚。Katya临死前告诉西德妮，自己和爱琳娜永远不会伤害她，爱琳娜相信，有人故意设局做出刺杀西德妮是受她指使的假象。
真假斯隆（Another Mr. Sloane）
核物理学家Sinclair教授在波兰克拉科夫遭到绑架，她醒来后见到了假斯隆。
西德妮、沃恩和杰克碰头，讨论了沃恩寻父后面隐藏的阴谋，以及西德妮频频遇险的情况，她相信幕后人正是斯隆。在杰克逼问下，斯隆坚决否认，他们认为这是有人故意在陷害他。
假斯隆要Sinclair帮助他们研究Rambaldi手稿，Sinclair表示缺少变压器线圈，遭到了他手下Carter的拷打。
APO，经过Roberts的辨认，斯隆不是雇佣他的人。他们劝说他与Carter接头商谈线圈的事。在APO间谍的监视下，Roberts拎着装有线圈的密码箱来到酒店，等Carter出现。一个男人走过来，提出地点换在顶楼的房间。此人并非Carter，Roberts还是同意了。
职业良心（A Clean Conscience）
Milos Kradic领导的恐怖分子在印尼驻哥本哈根大使馆制造爆炸，杀死15人。斯隆说组织中有一个Thomas Raimes的卧底提醒过Langley这次袭击，但他未能加以阻止，据估计Raimes已经被抓或者被杀。
在孤儿院照顾过纳迪亚的女校长Sophia来到洛杉矶，西德妮和纳迪亚发现她坐着轮椅，浑身是伤，她给了纳迪亚一条项链，提醒她不要忘记过去。斯隆让马歇尔查验Sophia的指纹。
杰克的医生要他要西德妮和平相处，因为他的来日无多。
阿姆斯特丹，迪克松和沃恩堵住Raimes，他解释说为了发现Kradic想要的Hydrosek，才牺牲15个人的生命。Hydrosek是印尼研制的一种强杀伤力武器，Kradic为了掩盖被盗痕迹制造了爆炸事件。APO利用Kradic带领他们寻找武器，迪克松扮成黑客，取得Kradic的信任。
化装成女招待的西德妮偷听到Hydrosek将很快抵达。
从阿姆斯特丹跟踪Kradic而来的潜伏者CBG在酒吧里安放了炸弹，趁乱夺过装有Hydrosek的箱子。三方混战成一团，Kradic抢到了箱子夺路而逃，迪克松和沃恩紧追不舍，在地下室截住了他，迪克松趁Kradic不备，击中了他。
听说CBG未能偷到Hydrosek，Sophia请纳迪亚和威斯来吃饭。她把纳迪亚的掌上机拿到密室，CBG侵入电脑，进入了APO的电脑系统。
西德妮和沃恩在杰克的家里发现了药瓶和浸透鲜血的绷带；杰克不顾Liddell博士告诫，决定冒险接受致死药剂的治疗。西德妮请求马歇尔研究辐射病的治疗方法，马歇尔透露杰克是为了救西德妮在一间放射实验室中受到伤害，他表示这种病无药可医。
假斯隆启动Rambaldi的Mueller装置杀害了意大利神父Kampinski，并偷走了Rambaldi的Vespertine文件中提到的灭绝兰花。斯隆召集特工，要他们找回兰花，并抓到冒名顶替他的人。
为了引出假斯隆，特工们设下圈套，假装在巴黎拍卖Vespertine文件。迪克松和沃恩追赶一个偷文件的男子，从一辆卡车里抓住了假斯隆。在盘问假斯隆时，他提出让西德妮和他联手消灭世界上的恶人，并利用兰花萃取液，打造出和谐培养的共存世界。
马歇尔指出假斯隆的大脑模式和斯隆相同，他回忆起在SD-6时有一个大脑铭记的项目，由SD-6高级官员Calvin McCullough负责。
沃恩和迪克松在布宜诺斯艾莉斯找到了McCullough，他承认是他让假斯隆认为自己是真正的斯隆。但是假斯隆背叛了他，没有把兰花交给他。McCullough随后服毒自杀。
一个军事组织潜入DSR窃走了Rambaldi手工艺品。同时，Sophia告别西德妮和纳迪亚返回里斯本。
APO总部，杰克反对沃恩向西德妮求婚。这时一队CIA特工前来搜查他们的办公室。纳迪亚被控修改DSR的安全系统，一位特工发现了Sophia送她的项链里有窃听器。
杰克和斯隆意识到几次任务失败都是Sophia捣的鬼，杰克认为她就是埃伦娜（Elena Derevko），会去找拉兹罗-德里克（Lazlo Drake），让他把所有的Rambaldi制品组合起来，完成最后的预言。
纳迪亚想起一年前和斯隆在中国时遇到过德里克。他拒绝告诉斯隆知道的情报，因为斯隆还缺一件：生命之球，他说纳迪亚是唯一能找到它的人。他们来到地下洞穴，生命之球放在一个四周全是玻璃地板的箱子里。纳迪亚碰到球体时，看见了可怕的毁灭场面，于是拒绝把球交给斯隆。他急不可待亲自上前，结果被碎裂的地板刺伤。纳迪亚精心照料他直到恢复健康。
搜索救母（Search and Rescue）
杰克回想起在维也纳，误以为爱琳娜指使刺杀西德妮而向她开枪，后悔不已。迪克松称他看见了爱琳娜，西德妮表示不相信，杰克说自己杀死的是据他以为是爱琳娜的人。
马歇尔报告发现了埃伦娜的同伙Lucien Nisard在为盟约工作。同时他们得知Rambaldi的Mueller装置在俄罗斯的Sovogda制造了恐怖事件，特工小组认为是斯隆和埃伦娜所为。唯一的解救办法就是让一直被姐姐囚禁的爱琳娜解除装置，他们需要从Lucien Nisard嘴里得出她的下落。
在伊比沙岛，沃恩和西德妮找到Nisard，逼问爱琳娜的事，他承认埃伦娜复制了另一个爱琳娜，同时透露真正的爱琳娜在危地马拉。
洪水之前（Before the Flood）
杰克、爱琳娜、纳迪亚、沃恩和西德妮来到满目疮痍的Sovogda。
APO，马歇尔和威斯利用黑井指令协迫俄罗斯部长交出卫星的密码，他们很快发现埃伦娜在向卫星发送数据。CIA特工Brodien提醒西德妮一行人，Rambaldi装置发射出的亚音频频率会改变饮用水，一旦出现症候就不可逆转。Brodien判断出装置仍在运行中，震中位于Oransky大楼，他们决定用最快的交通工具--地铁。
埃伦娜得知APO特工小组来到，斯隆主动要求领人伏击，她要他把纳迪亚带回来，加入他们的组织。
斯隆杀死了埃伦娜的人，等在站台，杰克不相信他的借口，取得了小组的控制权。马歇尔报告，埃伦娜利用俄罗斯的卫星向全世界发射Rambaldi频率。如果网络一连通，所有人都会受到感染。爱琳娜说他们必须从大楼楼顶关闭装置。
第四季?完
