故事以只有女性能使用的世界最强兵器「Infinite Stratos（IS）」为中心，在女尊男卑的世界中，主角「织斑一夏」虽然身为男生却能够操纵 IS，为此他被强制进入培育 IS 操纵者的学校「IS 学园」，周围理所当然也都是女性，而女生们也对这位「世上唯一能够使用 IS 的男性」感到兴趣，就此展开了许多趣味横生的学校生活。